Capacidades

  • Software | saCeSS: biblioteca de optimización global paralela

    La biblioteca saCeSS permite solucionar problemas de programación no lineal (NLP) y problemas de programación no lineales entero-mixtos (MINLP). También ofrece solucionadores locales eficientes para problemas de estimación de parámetros no lineales asociados a modelos complejos (p. ej., los descritos por ecuaciones diferenciales).

    Puedes encontrar más información aquí.

     

  • Software | AMIGO2: Advanced Modelling and Identification using Global Optimization (modelado e identificación avanzada mediante optimización global), versión 2

    AMIGO2 es un kit de herramientas multiplataforma basado en MATLAB diseñado para resolver problemas de optimización matemática básicos para la biología de sistemas, dentro del contexto de la identificación de modelos paramétricos, la hipótesis subyacente al desarrollo de modelos y el control óptimo de los sistemas biológicos para alcanzar el comportamiento deseado de forma sintética.

    Puedes encontrar más información aquí.

  • Software | PREMER: inferencia rápida en redes con teoría de la información

    PREMER (Parallel Reverse Engineering with Mutual information & Entropy Reduction [ingeniería inversa paralela con información mutua y reducción de entropía]) es una herramienta de software multiplataforma de código abierto para inferencia de estructuras de redes a partir de datos mediante medidas de teoría de la información. Es una herramienta de uso general desarrollada pensando en redes biológicas, pero puede aplicarse a otros campos.

    Puedes encontrar más información aquí.

     

  • Software | BioPreDyn-bench: paquete de problemas de referencia para modelado dinámico en biología de sistemas

    BioPreDyn-Bench es un paquete de problemas de referencia para modelado dinámico en biología de sistemas. Actualmente contiene seis problemas complejos de estimación de parámetros que aspiran a servir de casos de prueba de referencia en este campo. Este paquete incluye modelos cinéticos a media y gran escala de células de E.coli, S. cerevisiae, D. melanogaster, ovario de hámster chino (CHO) y una red de señalización genérica. El nivel de descripción incluye el metabolismo, la transcripción, la transducción de señales y el desarrollo.

    Puedes encontrar más información aquí.

Proyectos activos